1. 選用無病種子 從無病田選留種子，若種子混有菌核，可用過篩法篩除菌核。

2. 加強耕作管理 避免連作，與水稻輪作1年即可減少大量存活的菌核；收獲后或播種前認真清園，翻曬土壤，提高和整平畦面以利排水降濕；及時清除早期發現的病株，施適量石灰后再補苗；勿偏施、重施速效氮肥，適當增施磷鉀肥。

3. 藥劑防治 在菌核病發生較重的菜區，除做好上述措施外，苗期要及早噴藥預防。可選噴下列藥劑：（1）50%速克靈可濕性粉劑1500倍液。（2）40%紋枯利可濕性粉劑1000倍液。（3）40%菌核凈可濕性粉劑1000倍液。（4）50%多菌靈可濕性粉劑600~800倍液。（5）70%甲基托布津可濕性粉劑1000倍液。隔7~10天噴一次，噴1~2次。