酰胺類除草劑存在的主要問題：

1.藥劑自身的毒性問題

    主要是產量和影響最大的氯乙酰胺類除草劑存在毒性問題，最關鍵的問題是對水質的污染和內分泌干擾等問題。在歐盟禁用農藥清單中包括酰胺類除草劑有丁草胺、乙草胺、甲草胺、敵草胺等（干擾人類內源激素，對人有影響）。美國對丁草胺、乙草胺、異丙甲草胺也有極為嚴格的管理，例如對異丙甲草胺曾一度停止使用，要求生產廠方提供新的數據。

2.三廢問題

    在我國，酰胺類除草劑（尤其是氯乙酰胺類）的三廢問題一直是人們關注的問題。為此鼓勵采用甲叉法生產乙草胺、甲草胺等，以減少廢水排放量。并要求企業綜合利用生產過程中產生的堿性廢水和酸性廢水，確保不產生二次污染。2003年在國家環保部組織下，我國開始制訂十類農藥廢水的排放標準（這十類農藥包括：雜環類、酰胺類、有機硫類、苯氧羧酸類、菊酯類、磺酰脲類、有機磷類、氨基甲酸酯類、生物類、有機氯類）。

3.藥害問題

    酰胺類除草劑對作物存在著隱性藥害，特別是用藥量過大，或施藥后遇持續低溫高濕天氣時，可能會嚴重影響作物的生長。

4.每畝有效成分用量偏高

    酰胺類除草劑每畝用量比磺酰脲類高出幾十到上百倍，這就導致除了耕地要承載較多的化學物質（除草劑)外，合成酰胺類低活性產品耗費的中間體數量和成本要高得多，這也是近幾年酰胺類等常規產品出現萎縮趨勢的原因之一。

5.抗性問題

    連續多年使用雜草群落發生惡性演變，耐藥雜草逐步發展成優勢種群，使酰胺類除草劑防效下降,使用劑量增加。